御史中丞蔡齐对宰相们说道：“皇上已经长大成人，熟知天下事情。现在才开始亲政，已嫌太晚，怎能还让母后继续称制呢？”吕夷简等人却始终不敢决断。正在此时，八大王赵元俨进宫吊丧。他听说了此事，竟然朗声上道：“太后是帝母的名号，刘太后已经是勉强，还想立杨太后吗？”吕夷简等面面相觑，连赵祯都惊疑起来。
赵元俨说道：“治天下莫大于孝道，皇上登基十余年，连生母都不知道，这也是我辈当臣子的，未能尽职。”赵祯越加惊诧，问赵元俨道：“皇叔所言，令朕不解。”赵元俨说道：“陛下是李宸妃所生，刘、杨二位，不过是代为抚养。”赵祯不等他说完，急忙问道：“叔父为什么不早说？”
赵元俨说道：“先帝在世的时候，刘后已经掌权。到了陛下登基，四凶正当道，内蒙外蔽。刘太后又讳莫如深，不准别人泄漏此事。臣早想举发，只是担心一旦说出口，她谴责微臣还没有什么，恐怕有碍于皇上，以及李宸妃。臣十年以来，闭门养晦，不干预朝政，正上想今日明说此事。我想举朝的大臣，也和臣同一想法。可怜李宸妃生下陛下，终身没有提出异议。就是当日去世，也是死因不明，人言藉藉。”
赵祯听了，忍不住泪水荧荧，又问吕夷简道：“这事是真的吗？”吕夷简答道：“陛下确系宸妃所生，刘太后与杨太妃，共同抚育，视如亲子。宸妃去世，实由正命，臣却晓明底细。今日非八大王说明，臣也想等到合适的时候禀告皇上。”
到了此时，赵祯不免大声悲哭，就想去宸妃的殡所，亲自查看遗骸。吕夷简又上奏道：“陛下应先顾公义，再及私恩。刘太后与杨太妃，抚养圣上，恩勤备至，陛下也当有所回报。”赵祯只是哀哭，不发一言。赵元俨对吕夷简说道：“杨太妃如果被尊为太后，李宸妃更应尊为太后。”吕夷简于是转告赵祯。
赵祯点头同意，当即议定杨太妃尊为太后，删去了同议军国事的话。李宸妃也被追尊为太后。赵祯一面为刘太后治丧，一面连日下诏，责备自己，言语非常沉痛。
又有人告诉赵祯，他的亲生母亲李宸妃，是被刘后虐待死的。赵祯听了，立即派兵包围了刘府，准备报复刘氏家族。同时，他亲自去李宸妃的葬地祭奠。在众人围观下，打开棺椁。只见里面装满了水银，用以保持尸体不坏，李宸妃面色如生，神态安详，还穿戴着皇后的服装。
赵祯看完，稍感心慰，感叹地说道：“人言怎么可以信！”因此对刘家的尊封更胜往昔。李氏陪葬永定陵，灵位奉祀于奉慈庙。赵祯又在景灵宫建神御殿，殿称广孝。后来赵祯改生母李氏谥为“章懿皇后”，与刘太后一同升祔太庙。封李氏的弟弟李用和为彰信军节度使、检校侍中，非常恩宠。赵祯又追念不已，觉得无以厚其家，于是把福康公主下嫁给了李用
和之子。
赵祯接着召回了宋绶、范仲淹等，把内侍罗崇勋、江德明等贬出京城。赵祯同时停修寺观，裁抑侥幸，中外称颂新政，有口皆碑。吕夷简揣摩时事，提出八条规劝，即：正朝纲、塞邪径、禁货贿、辨佞壬、绝女谒，疏近习、罢力役、节冗费。赵祯大为感动，于是召吕夷简入宫商议，想将张耆即张旻改名，夏竦、范雍、晏殊等全部被罢职。
吕夷简自然遵旨办理。次日他又入朝排班，但听到黄门宣诏，除了张耆等人依次被免职外，最后又有几句话是：“同平章事吕夷简，着授武胜军节度使检校太傅，同中书门下平章事，出判陈州。”这几句话如同天上迅雷，不及掩耳，吕夷简莫名其妙，不知自己因为什么事得罪了皇上，以致遭到贬职。他一时不及问明，只好领旨而退。回去之后，他四处打听，却依然无法得知缘故。接着托内侍副都知阎文应暗中查探，才知道是由于郭皇后的原因，不觉愤恨异常。
郭皇后是赵祯的第一任皇后，代北应州人，其祖父为平卢节度使郭崇，郭崇的祖先世代为代北酋长。天圣二年，左骁骑卫上将军张美的曾孙女张氏与郭氏一同进宫选秀，当时尚未亲政的赵祯看中了美丽的张氏，想娶为皇后。但是临朝主政的太后刘娥，倾向于立郭氏为后。
于是在天圣二年十一月二十一日，郭氏被立为皇后。郭皇后仗着刘太后撑腰，非常妒忌，严密监视赵祯的行踪，使他不得亲近其他宫女妃嫔。赵祯心中十分愤怒，却不敢明言。
一天，赵祯来到后宫，与郭皇后说起吕夷简为人忠诚，并说要把从前谄附刘太后的那些人，一起罢斥。郭皇后一向不满吕夷简，于是随口答道：“绿夷简何尝不附太后，不过他机巧过人，善能应对，所以能瞒过一时。”赵祯听了，觉得她的话有理，因此不让中书草写诏书，竟然自己手诏罢免吕夷简。赵祯又召李迪入朝为相，用王随参知政事，李咨为枢密副使，王德用为佥书枢密院事。
但是数月之后，谏官刘涣上疏陈说时事，有“臣前请太后还政，触怒慈衷，几投四裔，幸陛下纳吕夷简言，察臣愚忠，准臣待罪阙下。臣受恩深重，故不避斧钺，渎陈一切”几句话。赵祯看完，于是想起以前的事，又觉得吕夷简是一个忠臣，郭皇后言过其实，因此又召回吕夷简，再令他为宰相。擢升刘涣为右正言，刘涣与吕夷简，分明是串通一气。
赵祯又命宋绶王参知政事，王曙为枢密使，王德用、蔡齐为副使。吕夷简再次入朝主政，等待机会报复郭皇后。当时，在后宫之中，尚充仪、杨德妃长得貌美可人，深得赵祯的欢心。郭皇后多次到尚氏、杨氏居处，对她们破口大骂。
有一天，赵祯临幸尚氏，尚氏向赵祯诉说郭皇后的不是。恰逢郭皇后赶来，二人争执起来。郭皇后勃然大怒，也不管什么礼节，竟然上前动手扇了尚氏
一巴掌。尚氏当即悲啼不已，郭皇后后依然不肯干休，还要再打数下。
赵祯看不过去，于是起身拦阻。不料郭皇后手已达来，尚氏刚好躲过一旁，反而打在赵祯脖上。郭皇后的指尖锐利，顿时掐出两道血痕。惹得赵祯大怒，当即呵斥郭皇后几句，带着尚美人回了西宫。尚美人装娇撒赖，更加惹得赵祯怒气冲冲。
内侍阎文应，本来就和吕夷简私交甚好。吕夷简正托他寻找机会，报复郭皇后。这时他听说郭皇后误伤赵祯之事，于是上奏道：“就是寻常的百姓家，妻子还不能殴打丈夫，何况陛下贵为天子，却受到皇后的欺凌，这还了得！”赵祯半晌无言。
阎文应又说道：“陛下的颈上，血痕依然还在。请招来执政宰相，问他们应该如何处置此事。”赵祯被激，便愤然说道：“你去召吕宰相国来！”阎文应大喜，当即通报吕夷简。吕夷简立刻赶来，向赵祯前请安。赵祯指着颈上的学痕，说明原委。
吕夷简当即说道：“皇后实在太失礼了，不足母仪天下。”赵祯说道：“情迹确实可恨，但是因为此事废后，怕也有所不妥。”吕夷简说道：“汉光武号称明主，他的皇后郭圣通只是‘行事有吕霍之风，不可以托以幼孤’，便被废除了皇后之位。而当今的郭皇后竟然动手打皇帝，还能说是无罪吗？”由此看来郭家的女儿，都是一样的泼辣。
赵祯本来就对郭皇后不是很满意，在吕夷简的怂恿下，决心废掉郭皇后。赵祯担心群臣反对，又与吕夷简商量出一个办法，声称皇后想出家修道。
吕夷简为了让仁宗废后，给有司下令不得接受谏官们的奏章。明道二年十一月乙卯，赵祯正式颁下了诏书，说道：“皇后以无子愿入道观，特封其为净妃、玉京冲妙仙师，赐名清悟，别居长宁宫以养。”
中丞孔道辅，与谏官范仲淹、孙祖德、宋庠、刘涣，御史蒋堂、郭劝、杨偕、马绛、段少通等，联名上疏却没有被接受。于是这些人一同到垂拱殿，俯伏同声道：“皇后是国母，不应轻废，愿待召赐对，让我们各尽所言。”说了数句，但见殿门紧闭，杳无消息。
孔道辅忍无可忍，竟拉着门环大喊道：“皇后被废，累及圣德，为何不听臣等的话？”不久，听到门内传旨，令他们到阁中和宰相答话。孔道辅等于是来到中书，见吕夷简已经在那里等着。他便对夷简说道：“大臣服事皇帝和皇后，就好像儿子服事父母一样。父母不和，只可劝说，为什么要顺从父亲逼走母亲呢？”
吕夷简说道：“皇后打伤皇帝，过失太大。而且废后也是效法汉、唐的故事，不妨援行。”孔道辅厉声说道：“大臣当引导君王为尧、舜之君，怎能引汉、唐失德之事，作为法制？”吕夷简却不再回答，拂袖而入。孔道辅等人无奈，只得退去。