始祖病毒的研究最早是用于对生物进化的研究之中。
阿克雷研究所建立完成之前，在欧洲，保护伞创始人爱德华和马库斯分别在昆虫类、两栖类和哺乳类动物身上。实验结果发现，这些生物虽然因为各自DNA不同所造成的变异也不同，但是他们都出现了体型巨大、食欲增长的情况。
但是，从生物进化的角度上讲，这样的生物很难称之为进化。
马库斯对这样的研究结果根本不满足，于是提出要在人类身上进行病毒实验的建议。
1967年，阿克雷研究所建立完成，马库斯被调任至阿克雷研究所附近的干部培训所担任所长，并兼任阿克雷研究所研究主任一职。
出于对阿克雷研究所所有机密的保密考虑，在斯宾塞的授意下，马库斯将两种始祖病毒的初级变异体注射到了阿克雷研究所的设计者——乔治·特列沃的妻子杰西卡和女儿莉莎体内。
杰西卡体内的变异体并没有对杰西卡产生什么其他影响，却使杰西卡经常出现意识模糊和记忆不清的情况，这个结果并不为人满意，因此杰西卡被安乐死；
而女儿莉莎所注射的始祖β变异体产生出了融合迹象，因此被锁在了实验区域，开始了长达十几年的各种生化实验。
特列沃一家的悲剧是始祖病毒研究走入人类的开始，也为整个始祖病毒的研究打下了邪恶和不人道的注脚。
值得一提的是，马库斯推开了人体实验这一恶魔之门后，变得麻木不仁。他利用职务之便，擅自将干部培训所内的学员当做了实验体进行实验，也因此遭到了公司上层的排挤，影响力不断下降。
马库斯在对莉莎的研究当中，意识到始祖病毒研究的最大问题在于稳定性。
因此马库斯将病毒的稳定性和增强可塑造性作为其研究工作的重点。在经过长期研究和仔细选择之后，马库斯选择将始祖病毒与水蛭基因相结合。
马库斯认为，水蛭对环境的耐受力和适应力都是很强的，因此水蛭基因一定能够强化始祖病毒对环境的适应性，从而提升始祖病毒的稳定能力。
“真是可笑，交通的发展将病毒带向了全世界，全世界在这时正是最骄傲最自以为是的阶段，这些人自以为是将这太阳阶梯花带到了世界各处，世界的毁灭已成必然......”
皮尔斯接着看下去，这段手稿的后半段却是出现不一样的内容。
1977年8月，马库斯将始祖病毒与水蛭基因的融合实验取得了相当大的成果，始祖病毒的二次变种研制成功并达到了预期目的。
与之前的始祖病毒不同的是，这次的变种将原先漫长的融合过程大大的加快，并且使宿主狂暴化。马库斯因此将这个变种命名为“暴君病毒”，简称“T病毒”。
1978年2月，马库斯培养的学员干部威斯克和威廉续任。
斯宾塞原准备将马库斯调离至其他部门，但是马库斯拒绝公司调任，并回到了已经关闭的培训所，继续秘密开展相应研究——也就是“水蛭女王”的相关研究。
威廉的主导下，阿克雷研究所利用T病毒及其变种，研制出了“猎人”系列、海王星、地狱犬等活体生物兵器。
2008年，在西非出现的人体变异体马基尼（西非语中意为“恶魔”）是由一种名为普拉卡的寄生虫变体所造成的，而这个变异体是由Tricell联合企业将普拉卡寄生虫与始祖病毒融合的结果。
始祖病毒中将普拉卡原本的基因链进行了强化，使这种寄生虫寄生人体的速度变得更快。而其通过口服的方式则使感染更为直接、迅速。
“太阳花为什么会在T病毒这一结构之后，变化的如此稳定，简直就是一个模板，一个设计好了的模板。”
皮尔斯看着手中那个黑发高大男人的照片，心中出现了一种莫名的悸动，“你们到底有什么关系？为什么看到你我会出现一种奇怪的关联感？”
图书馆的12号文件中我们可以了解到威斯克的病毒是基于始祖病毒研究而成的，但这还不足以确定他的能力是来自原始的始祖病毒还是始祖病毒的变异株。
而图书馆7号文件中提到了迪拜亚部落的很多年轻人曾经吞食“太阳阶梯”从而对抗斯宾塞所雇用的雇佣军的入侵。同样的文件还有《研究主管布兰登的日记》，其中也提到了太阳阶梯所赋予人类的“超凡力量”。
虽然对于这些能力的增强我们只能作出猜测，但它们无外乎是基于新陈代谢的。
拿威斯克来举例，高于常人的能力同样需要非凡的能量来驱使，无论是高速的移动，强力的击打，还是快速的恢复损伤，全部都需要巨大的能量供给。
我们猜测始祖会影响人体内的荷尔蒙，尤其是甲状腺与下丘脑激素，以及新陈代谢酵素的产生量。事实上，这三种激素对人体以及相互间的影响非常复杂，但它们无疑是威斯克超人能力的驱动者。
同样，这些激素和酵素在一定程度上也会帮助促进威斯克的快速恢复能力。
这里有一个例子威斯克的脸部被阿莱克西娅严重烧伤，按理说至少会留下很大的疤痕，但他5年后在俄罗斯出现时，脸上并没有任何的痕迹。
这也许是受某种酵素的影响而产生的，这种酵素可能并直接由始祖病毒产生，而不只是受到其影响而进行上调节；
它们会将细胞外组织分解，并降低疤痕中肉芽组织的数量，最终使它们完全被新的组织代替。
通过这些文件，基本可以确定始祖病毒本身就是具有这种能力的。
那就是说病毒将自己固定为T病毒这一形态，是有自己的“想法”的？
皮尔斯发现越是思考稿件中的内容，就越是心里困惑，但看到手中的照片时，皮尔斯的思路就渐渐清晰起来。
“你或许就是解开疑惑，突破瓶颈的关键！”
皮尔斯起身，兜里掉落了一张照片，这张照片与其他几张不同，显得十分清晰，照片里的背景是一片大海，一块等人高的礁石被铁链裹着。
捡起照片，皮尔斯翻到背后一面，露出了一行字：时间禁锢之海。